Trần Cảo thừa thắng xông lên, tiến quân thẳng đến Bồ Đề để đánh kinh thành một lần nữa. Kinh thành lại gặp nguy hiểm. Lê Chiêu Tông liền sai tướng quân Thiết Sơn bá Trần Chân mang quân ra đón đánh. Trần Cảo có phần chủ quan sau khi giết được quốc công tiết chế Trịnh Duy Sản, bị Trần Chân đón đánh phá tan tành. Quân khởi nghĩa bị chết trận này rất nhiều.

Trần Cảo bị thua nặng nề, phải chạy lên Lạng Nguyên. Quân Trần Cảo và quân triều đình lấy sông Minh Nguyệt[10] làm ranh giới. Trần Cảo cùng Trần Chân đánh nhau nhiều ngày vẫn không phân thắng bại.

Sau đó, Trần Cảo truyền ngôi cho con là Trần Cung rồi cạo đầu làm sư, giấu tên để trốn tránh. Các sách sử đều ghi nhận, từ đó không tìm ra tung tích của Trần Cảo, không biết kết cục của ông ra sao. Theo Đại Việt Sử ký Toàn thư, tại các thôn Bảo Lộc, An Lạc, Chu Nguyên[11] vẫn còn đền thờ ông và các sử gia phong kiến phỏng đoán "có lẽ Cảo chết ở đó".

Trần Cung nhân lúc các tướng nhà Lê tranh giành quyền bính giết hại lẫn nhau, tiếp tục chiếm cứ phía đông chống lại triều đình, cũng xưng làm vua, đặt niên hiệu là Tuyên Hoà tới tận năm 1521 mới thất bại dưới tay Mạc Đăng Dung – viên tướng giỏi nhất của nhà Lê lúc đó, người không lâu sau lấy ngôi của nhà Lê. Trần Cung bại trận chạy lên châu Thất Nguyên rồi bị triều đình tầm nã bắt được, giải về kinh hành hình.